同治初年,太平天国天王洪秀全据守金陵(今江苏南京),忠王李秀成进攻苏州、上海,侍王李世贤等攻占浙江,辅王杨辅清顿兵宁国,康王汪海洋意欲图谋江西,英王陈玉成屯兵庐州,捻军首领苗霈霖出入颍、寿二州,与陈玉成联手准备进攻山东、河南,号称雄师数十万。金陵处于防守空虚状态。为了保全苏州、杭州,清政府派曾国藩统帅清军围剿太平军。曾国藩与曾国荃两兄弟商议进攻之策。曾国荃认为,乘虚急捣金陵,对方必定竭尽全力保卫京都,苏、杭二州守军骤减,可乘机收复苏、杭二州。曾国藩认为这是上策,决计明攻金陵,另图苏、杭。将江宁之事交付曾国荃,浙江之事交付左宗棠,江苏之事交付李鸿章,积极备战。于是,曾国荃兵攻金陵,李鸿章征伐苏、杭、上海,大江以北,多隆阿有取庐州之师,大江以南,鲍超有攻宁国之师,左宗棠有收复浙江之师,十路大军都由曾国藩节制。曾国藩急围金陵。金陵虽是坚城深壕,粮饷器械充足,自然不能猝然间攻占。但是城内瘟疫流行,守城将士死亡甚众,几乎不能出战。久围之后,洪秀全逐渐难以招架,急令苏州李秀成、浙江李世贤率兵增援金陵。援兵号称六十万,围攻正在包围南京雨花台的清军。曾国荃撤离金陵,兵围江宁。同治三年(1864),李鸿章攻下苏州。同治四年(1865),左宗棠攻占杭州,曾国荃攻占江宁。苏、杭二州被清军控制,太平军失去金陵屏障。(《清史稿·曾国藩传》)