清朝初年,黄河多次泛滥成灾。康熙对兴修水利工程非常重视,把治河、三藩、漕运作为三大要务,亲自书写出来,贴在宫中柱子上。黄河在河南、安徽一带经常决口,后来竟改道与淮河合流,从今天的苏北地区入海。既影响了漕运,又使许多良田变成沙洲,严重地威胁着人民生命财产,同时也减少了国家收入。当时每年有四百万石漕运粮由上千的船只经运河运至北京,供官俸和士兵军饷。漕运受阻以后,京师食粮及军晌告急。他选派靳辅为河道总督,又对治河专家陈湟加以重用,经过十年(1677—1687)的治理,终于使黄、淮各归故道。原名浑河或称小黄河的永定河,在流经北京附近,常常淤塞成灾。康熙三十七年(1698),清廷招募了十几万民夫,从芦沟桥附近的良乡到东安开据了二百里长的新河道,使原来受灾之地变成了万顷良田,康熙亲自视察,并将浑河改名为“永定河”。