美岱召地处包头东郊,北依大青山,南临黄河,青山绿水,山林拱卫。这是蒙古族土默特部落修建的第一座召庙。十六世纪下半叶(明隆庆年间),蒙古族土默特首领被明廷封为顺义王,他引入西藏的喇嘛教并兴建城寺,以巩固自己的统治。明万历三年(1575),内蒙古第一座石头寺“灵觉寺”建成,朝廷赐名福化城,清代更名寿灵寺。这座城寺就是美岱召。美岱召的俗称源于万历三十四年(1606),当时西藏活佛麦达里来此传教,人们便把此寺叫做麦大里召,或写作迈大力庙、麦达召、美岱召。一说因殿内供奉银铸的4米高美岱尔佛(如来佛)而得名美岱召。
        美岱召在内蒙古喇嘛教发展史上具有举足轻重的地位。明万历八年(1580),被阿勒坦汗尊为达赖三世的格鲁派(黄教)领袖锁南嘉措曾在美岱召居住。喇嘛教格鲁派的创始人为宗喀巴,他从十四世纪末开始进行传教活动,至十六世纪中形成一个以格鲁派为代表的新的宗教领主集团。当时的首领是锁南嘉措(1543—1588),他出身于吐蕃老贵族玛氏家族,四岁时被认定为达赖喇嘛二世的转世,十岁任哲蚌寺主持人,十一岁主持拉萨祈愿大会。在蒙古和甘肃、青海广大地区影响甚大的阿勒坦汗晚年崇信佛教,派人迎请锁南嘉措到青海仰华寺供养。那时锁南嘉措正积极寻求外援以图完全控制西藏,遂欣然前往。锁南嘉措于万历六年(1578)来到青海,向蒙古各部传教,劝说废除杀生祭天、以人殉葬等陋习;并教导阿勒坦汗“不派畋猎,不索贡赋”,适当减轻部民的负担和属部的贡赋;他还医好了阿勒坦汗多年足疾。阿勒坦汗为表示对他的信奉和感激,赠以“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”尊号,“达赖喇嘛”称号即由此始。蒙语“达赖”,意为“大海”,“喇嘛”则是藏语,意为“上师”。哲蚌寺前两任主持人则被追认为第一世达赖和第二世达赖。
        锁南嘉措作为达赖三世于1588年在呼和浩特圆寂后,黄教集团为了更紧密地依靠蒙古贵族的势力,选定阿勒坦汗的曾孙云丹嘉措为达赖四世。达赖四世十三岁时被送到西藏学习。西藏黄教喇嘛担心其在蒙古的影响削弱,遂将年仅十三岁的藏族小活佛麦达里派到蒙古坐床。云丹嘉措在藏度过了十四个年头,于万历四十五年(1617)圆寂。麦达里活佛先在呼和浩特大召坐床,并给刚即位的蒙古大汗林丹巴图尔举行了灌顶仪式。万历三十四年(1606),阿勒坦汗的孙媳托克堆达赖夫人用珍宝塑成弥勒佛像,邀请麦达里到“秘密坛城”(即今美岱召)举行开光仪式。此后活佛便留居于此。