公元七世纪上半叶,创立于西亚的伊斯兰教开始向东方传播。到七世纪下半叶,伊朗、阿富汗一带先后建立了几个伊斯兰教国家,印度也面临着来自穆斯林势力的威胁。
        最早侵入印度的穆斯林来自阿拉伯地区。712年,穆斯林以“圣战”的名义武力占领了印度河下游的信德地区。此后,阿富汗的伽色尼王朝在986年远征印度,首先占领白沙瓦。997年,马默德亲王率领穆斯林军队十七次远征印度,占领了西北印度的全部地区。马默德给印度的选择是非此即彼的:要么死,要么改信伊斯兰教。对被征服地区所有的佛教、印度教寺院和圣地进行毁灭性的破坏,焚烧经典,杀戮僧尼,掠夺财宝。马默德死后,伽色尼王朝被新兴的廓尔王朝所灭。廓尔王朝也是穆斯林国家,继续对印度进行武力征服。1175至1191年间,穆斯林军队几次出征旁遮普、古吉拉塔因特等地,并占领了上述地区。之后,穆斯林势力进一步扩张到孟加拉湾。征服过程中,毁灭佛教的方式与以前相比是有过之而无不及。据说,穆斯林占领佛教名寺飞行寺后,在寺中发现了大批藏书。他们想找人讲解书中的内容,附近竟找不到一个存活的印度人。可以想见,这样的浩劫是多么巨大。
        佛教一直宣扬忍辱、戒杀与慈悲,因而在伊斯兰教的刀光剑影面前,这些教头及信奉者显得软弱无力,只有背井离乡,远走他方了事。根据西藏多罗那陀的记述,当时佛教徒大多逃亡到西藏、南印度和东南亚等地。少数比丘短期内仍留守寺院,在寺院附近过“游击”式的避难生活。1235年,西藏有位名叫达磨斯瓦命的僧人游巡那烂陀寺,看到寺里还住着一位年老比丘,名叫罗睺罗室利跋陀罗,他还在寺院的废墟上为七十名学生讲授梵文文法。
        1203年,佛教最大的寺院超戒寺被毁,从此,佛教在印度本土基本消亡。