古木参天的孔林里,有许多奇异的景物和有趣的传说,其中最奇特的莫过秦代“空坟”。“空坟”又叫“油篓墓”、“牛栏坟”、“孝子坟”、“喜坟”。这种坟墓口小穴大,内置坐卧设备,供活人居住。相传秦朝时人到六十要活埋,子女不愿活埋自己的父母,就挖这种“油篓坟”,让老人住在里面,每天夜间子女用竹篮子吊着给老人送饭。另一种说法是,秦朝有一种刑罚叫“坑埋”,家中长者若触犯刑律,处罚方式即坑埋。孔氏后裔不忍亲人被坑,花钱买通官吏,获允回家自坑,于是便出现了“空坟住活人”的奇观。当时孔氏家族中这种坟墓很多。
        孔林的风水被视为与“国运”攸关,“断不可轻信更改”。光绪三十年(1904),津浦铁路的勘测计划中预定经孔林西墙附近,因七十六代衍圣公孔令贻向朝廷呈文说铁路将“震动圣墓”,“破坏圣脉”,结果只好让铁路绕个大弯,逶迤而行。
        孔氏家族对孔子墓也有许多神奇的传说,比如说,皇帝的墓一般是正北,因此只能是一朝一代的贵族;孔子的坟不是正北,而有点斜,所以能保住子子孙孙,使孔氏家族千年不衰。又说,孔子的坟上杂草不生,是因孔子死后有灵而显圣的结果。
        孔林里的水草木石都被认为是有灵性的。从前卜筮要使用蓍草,人们说用孔林里的蓍草占卜最灵验,于是孔林里这种开白色小花的野草便成了算命先生梦寐以求的神物。孔林里还遍地长着灵芝,林外却一点不长。孔林里的林芋更是一绝,这种野山芋可以充当粮食,人们说这是祖先的“恩德”,过去曾是孔府给皇宫的贡物。